1.事业单位有职称，公务员职务与职级可并行
公务员和事业单位同属于编制内人员。公务员拥有的是公务员行政编制，而事业单位拥有的是事业单位编制，因此二者的编制权限和范围是不一样的。公务员拥有行政权，而事业单位不具备行政权，因此，公务员编制在法律上的权限要高于事业单位编制人员。并且公务员和事业单位的职称也不一样。在以前事业单位讲究的是职称，公务员讲究的是级别。但是随着公务员法的进一步完善，现在公务员是职务和职级并行，因此这一点上二者是不一样的。
2.公务员和事业单位的人员架构不一样
事业单位和公务员他们实际上组织架构是不一样的。一般而言公务员所具备的是公务员身份，他们的人员组织架构不一样。公务员的级别由低到高分别是办事员、科员、副科、正科、副处、正处和其他更高的职位。事业单位人员组织架构不一样，并且比较复杂，一般分为事业单位的管理岗位、事业单位的技术岗位、事业单位的工勤岗位。以上岗位都分别设有不同的人员，因此事业单位下设的职位比较多，人员架构也相对复杂，这也是二者的不同之处。
3.公务员和事业单位的晋升速度和机制不一样
另外公务员和事业单位的晋升机制也不一样。公务员编制都是行政单位，因此晋升机制比较完善，同时晋升的考察也比较全面。因为公务员作为我国重要的机构组成部分，每一个公务员编制都是经过严格、正规的考试进入的，因此公务员是我国的重点培养对象，在晋升机制上面也是比较公平公正。而事业单位的晋升机制相对不一样。因为事业单位分为不同的岗位，管理岗、技术岗、工勤岗等，每个岗位的晋升机制都有所不同，事业单位编制人员晋升的过程可能相对较慢一点，这也是二者的区别。
4.公务员和事业单位的工作方式不一样
公务员的工作一般面对的就是广大群众，每天都为广大群众处理和解决一些相关的事情，每天都是跟人民群众打交道，所做的工作也是涉及到人民生活的方方面面。而事业单位则有所不同，事业单位一般只是针对本单位上的事情进行处理，涉及到的人群相对比较窄。并且我国正在进行的公务员改革当中，公务员在一些公事需要用车的情况下，之前是使用公车，现在则是以车补的形式来代替使用公车。因此公务员和事业单位的工作方式也不太相同。
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